Всем доброго времени суток!!!
Станция CS1000 rel. 5.0 соединена по потоку (TIE EURO ETSI) с факс сервером, на факс сервер могу позвонить, создать логику звонков по определенным номерам - вопрос не в этом. На меридиане имеется два АОНа первый который отдается во внутренную сеть, второй который отдается в ГТС при определенном наборе(SPN RLI), но факс сервер умеет отдавать только один АОН с одним номером, как с помощью средств меридиана можно создать эту логику?

Какую "логику"? Лично мне, например, непонятно о какой логике идет речь, о логике факс-сервера или меридиана.
Информация к размышлению: АОН формирует инициатор звонка. В вашем случае, если я правильно понял, факс-сервер.

Интересует можно ли пробрасывать через меридиан АОН по условию(подставляя нужный CLID) транзитные вызовы с факс сервера на другие потоки

Меридиан АОН на транзите модифицировать не может. Можно закрыть поток одним каким-то.