Подскажите пожалуйста есть ли разница в платах Д-канала NTBK51АА и NTBK51ВА

Судя по документации
Note 1: Only one version, the NTBK51AA, can be used with the
NTCK43, the NT5D97, or the NT5D12. The NTBK51BA version has
only 30+30 pin connectors (instead of 40+30 pins in the AA version).
The missing 10 pins in the BA version prohibits the use of port 0 on the
NTCK43, the NT5D97, or NT5D12 card.

Page 128 of 264 NTBK51 DDCH installation and removal:

Note 1: The only version of the NTBK51 DDCH that can be used on an
NTCK43, NT5D97, or NT5D12 installed on a Meridian 1 options 51C,
61C, or 81C, is the NTBK51AA. Vintage NTBK51BA cannot be used,
due to a different pin configuration (the NTBK51BA is used on the
Meridian 1 Option 11C.)

в версии ВА не работает порт 0, а поставщик утверждает, что должны работать оба порта.

Установив NTBK51ВА в NT5D97 я реально вижу, что работает только порт 1.

Помогите разьяснить данную ситуацию.

Ну например поставщика попросить запустить 0 канал на большой машине:) .
А если серьезно, вы же сами все прочитали в доке, а она как говорили некоторые категории людей, как известно РУЛЕЗ....:p

The missing 10 pins in the BA version prohibits the use of port 0 on the NTCK43, the NT5D97, or NT5D12 card.