Подскажите как правильно построить архитектуру АТС, есть ли какие нибудь правила чтоли, как играть с транками (для внешних линий и внутренних), косами? От чего надо отталкиваться при первоначальной настройке АТС?

TD500 достаточно сложная АТС , а вопрос настолько объёмный что не стоит ждать ответа. Кто будет печатать сотни страниц? Читайте мануал и пользуйтесь поиском.