Есть телефонная станция LG GHX 616. 2 входящии линии. А у нее по умолчанию 3 линии. И при наборе 9 телефон попадает на 3 пустую линию. Как ее отключить?

Перевести ее в нулевую группу линий в ПЖМ 30.

А как можно изменить звонок, в зависимости от того - входящий -городской или переведенный - местный ?

Они ведь и так различаются.
Если не нравится - смотрите ПЖМ 35.