В процессе записи протоколов с непонятной периодичностью часть звонков не записывается...

Настройки протоколирования стандартные(ничего "хитрого" не настраивалось).
Станция соединена нормальным шнурком с нормальным компьютером.

Вопрос: что проверить, что почитать, на что обратить внимание

Ничего хитрого предложить не могу. Чтобы понять какими таблетками потчевать больного, надо его выслушать. В нашем случае ларингофоном следует считать любую терминальную программу с возможностью записи принимаемой информации в файл данных. По которому впоследствии Вы выпишите рецепт. Что касается настроек самой программы тарификации - читайте прилагаемый Help и задавайте вопросы разработчикам оной.

А кстати, если не секрет, что за программа используется?

Да "ничОго особливого" не используется...

Протоколы пишутся "для истории", на случай внезапного приступа жадности или того подобного, когда будет нужно просмотреть с какого телефона и сколько наговорено...

программа записи - да стандартная терминалка. Причем пользовались и Windows, и Linux... Результат одинаков в обоих случаях "теряется" часть записей. Закономерности не выяснено.

Т.е. может "запротоколироваться" подряд несколько вызовов с(на) один и тот же экстеншен, и тут же следующий может быть пропущен. Ни длительность, ни "характер" вызова не играют роли - это может быть вызов "внутрисистемный", а может быть "городской звонок"...

А может сами что-то накрутили в настройках АТС?
Просто у меня был похожий случай, звонки записывались по два сразу по одной городской.
В итоге выяснилось, что пользователь сам что-то накрутил в программе. Что именно - не помню.:(

А какое расстояние между АТС и компом?
Может скорости уменьшить?

Кстати, у меня был случай, когда из-за незаземленности АТС
некорректно работала плата Caller ID - иногда в определенных ею номерах выпадали цифры.

Попробуйте соединить физически корпус станции и корпус компа. Иногда помогает. Иногда проблема бывает в блоке питания компа. Электролиты там что-ли сохнут ... но на ком-порту появляются всякие бяки. Обычно кабель между корпусами снимает 95% проблем.

Спасибо за советы.
Доберусь до станции (500 километров до нее :)) - обязательно попробую заземление...