Скажите пожалуйста, возможно ли настроить АТС так чтобы запретить звонки по межгороду но разрешить отправку факса

А отправка факса это не звонок? :)
Нет конечно.
Но можно сделать набор межгорода через определенный пароль. Почитай в книжке про "расчетные коды".