Очень часто на одном и том же внутреннем номере наблюдается такая ситуация:
приходит по СО междугородний звонок, звенит на внутреннем ext, снимаешь трубку - как будто бы соединение и тут же короткие гудки.
Происходит это не со всеми междугородними вызовами (вчера, например, несколько раз пытались дозвониться из Архангельска).

СО - шаговой станции
внутренняя АТС - Panasonic KX-TD500

Как же сделать, чтобы все входящие соединялись?

С точки зрения Панасоника подключенного по СО входящий междугородний вызов ничем не отличается от входящего междугороднего.
А вот для декадки отличается, т.к. входящий местный придет по входящей трехпроводке, а входящий междугородний по СЛМ. Поэтому, я практически уверен что дело именно в ней.
Как же сделать, чтобы все входящие соединялись?
Заявку на узел связи в письменном виде.

Да, только при этом не забудь о том, что АТС должна быть зарегистрирована на узле связи или на время заявки поставь обычный дисковый аппарат на эту СО. Ну любят связисты на узлах связи этот девайс :-)