На системном телефоне не загораются кнопки запрограммированные на внутренние линии. С внешними линиями, точнее с кнопками за этими линиями закрепленными, все нормально. Системный телефон - рабочий, проверяли на других АТС.

Сделай полный рестарт системы тумблером на материнской плате (он находится под крышкой корпуса) должно помочь.

Простите за бестолковость, а после рестарта не прийдется программировать станцию заново?

Это смотря как переключатель поставить на станции.

С уважением Денис